氣相色譜質譜聯用儀GCMS定性分析很方便，可通過自帶數據庫的相似度檢索快速定性分析，儀器還有多種采集模式，靈敏度高，能夠定量準確，且儀器的本身狀態決定試樣分析結果的準確度。
定性能力及效果：
1.一般應用可省略色譜檢測器
GC作為進樣系統，將待測樣品分離后直接導入質譜進行檢測，既滿足了質譜分析對樣品單一性的要求，又省去樣品制備、轉移的繁瑣過程，不僅避免了樣品受污染，對質譜進樣量還能有效控制，也減少了氣相色譜質譜聯用儀GCMS的污染，提高了對混合物分離、定性定量效率。
2.定性能力高
用色譜保留時間結合化合物的指紋質譜圖鑒定組分，大大優于僅靠色譜保留時間。GC-MS的定性指標有分子離子、功能團離子、離子峰強度比、同位素離子峰、離子反應的母子離子質量數以及總離子流色譜峰、選擇離子色譜峰和選擇反應色譜峰所對應的保留時間窗。
3.可分離尚未分離的色譜峰
用提取離子、選擇離子監測或選擇反應監測法，以及結合某些數據處理方法(如AMDIS)，可分離總離子流色譜圖上尚未分離或被化學噪聲掩蓋的色譜峰。
4.可提高定量分析精度
通過用同位素稀釋和內標技術可提高定量精度和定性能力。
5.提高儀器功能，實現分析自動化
計算機的多功能使氣相色譜質譜聯用儀GCMS的結構更簡單，操作更方便，更易于實現分析工作的自動化。
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